El 13 de agosto de 2023, Eder Militao sufrió una rotura del ligamento cruzado anterior de la rodilla izquierda en el primer partido de la temporada en San Mamés. El defensa brasileño peleaba con un balón con Oihan Sancet y la articulación le hizo un giro extraño. Consiguió regresar antes del final de la campaña.
Ahora, 14 meses después, ha sufrido otra grave lesión de rodilla, esta vez la derecha. El zaguero se quedó clavado cuando se intentaba desmarcar para rematar un córner y cayó al suelo entre evidentes signos de dolor. Rápidamente sus compañeros acudieron al lugar para intentar consolarle, mientras una camilla acudía al lugar.
El parte médico es demoledor. El central brasileño sufre una rotura completa del ligamento cruzado anterior de la pierna derecha con afectación de ambos meniscos. Se acabó la temporada para el jugador brasileño.